בשל תפקודה, מערכת הכליה והשתן רגישה למחלות וזיהומים שונים. לעתים מצטברים משקעים בתוך הכליה, ויוצרים גבישים מוצקים המכונים "אבנים בכליות". אבנים אלו נוצרות כאשר חומרים (כמו סידן) ממרכיבי השתן שוקעים ומופיעים כגבישים בכליות ובדרכי השתן. באופן הרגיל נמצא במערכת השתן מנגנון המונע את היווצרות הגבישים, אך כאשר מנגנון זה כושל, נוצרות האבנים.
אבנים אלה עלולות לגרום לדימום, פגיעה בתפקוד הכליות, זיהומים וחסימות בדרכי השתן. חסימת מעבר השתן לאורך זמן עשויה להביא לפגיעה חמורה בתפקוד הכליות ולכן מחייבת טיפול מהיר.
